В Московской финансово-промышленной академии проводятся фундаментальные и прикладные научные исследования по основным отраслям науки, включая прикладную экономику и эконометрику, многофункциональный менеджмент, политологию, предпринимательство и теорию конкуренции, кризис-менеджмент и реструктуризацию бизнеса, прикладную информатику и информационную безопасность, компьютерный дизайн, отраслевое право.
При Академии созданы два Диссертационных совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата экономических наук. Работает авторитетный Центр экономических исследований, который проводит исследования в области финансового сектора, реализует программы внутренних грантов в Академии, привлекает молодых ученых к профессиональным исследованиям.
Также в МФПА работает Венчурная фабрика, в рамках которой студенты могут реализовать свои предпринимательские проекты, и Центр коммерциализации технологий, содействующий выводу инновационных проектов на российский и зарубежный рынок.
Студенты и преподаватели МФПА регулярно участвуют во всероссийских и международных научных и научно-практических конференциях.